بيانات BIDS و OpenNeuro

لماذا أحتاج هذه الخطوة؟

و OpenNeuro موقع مجاني يستضيف مئات الداتاست العامة بصيغة BIDS. وفائدة BIDS لمستخدم EEGLAB أنها توفّر خطوتين عملتهما بيدك في هذه المحطة: الأحداث (event) ومواقع الأقطاب (electrode) تأتي جاهزة في ملفاتها.

نستخدم الداتاست ds002718 (Wakeman و Henson): شاهد المشاركون وجوهاً مشهورة، ووجوهاً غير مألوفة، وصوراً مبعثرة الأجزاء. الداتاست كاملة حوالي 4 جيجابايت، لذلك ننزّل مشاركاً واحداً فقط، sub-002، بحوالي 235 ميغابايت.

كيف أطبّقها في EEGLAB؟

1. نزّل مشاركاً واحداً

1. افتح صفحة الداتاست: ds002718 على OpenNeuro.
2. من قائمة الملفات نزّل هذه الملفات، واحفظها على جهازك بنفس ترتيب المجلدات، داخل مجلد اسمه ds002718:
   • في المستوى الأعلى: dataset_description.json و README و task-FaceRecognition_events.json.
   • في sub-002/eeg/: الملفات الخمسة التي تبدأ بـ sub-002_task-FaceRecognition_.
3. لا تحتاج مجلد anat (صور الرنين المغناطيسي) في هذا الدرس.

السكربت في صندوق نقطة البداية ينزّل نفس الملفات دفعة واحدة.

2. انظر في الملفات الجانبية

افتح sub-002_task-FaceRecognition_events.tsv في أي محرّر نصوص أو جدول بيانات. كل سطر حدث، وفيه أعمدة مثل onset (بالثواني)، و trial_type (مثلاً famous_new أو right_sym)، و value (رمز رقمي).

افتح sub-002_task-FaceRecognition_channels.tsv. أسماء القنوات (channel) من EEG001 إلى EEG074، لا أسماء 10-10. وهذا مهم في الخطوة التالية.

3. استورد المشارك

1. افتح File › ثم Import data › ثم Using EEGLAB functions and plugins › ثم From BIDS folder structure. (ونفس الأمر في File › ثم BIDS tools › ثم Import BIDS folder to STUDY.)
2. اختر مجلد ds002718 واضغط Select Folder (في macOS: Open). تظهر نافذة Import BIDS data — pop_importbids().
3. أبقِ خانة Use BIDS electrode.tsv files (when present) for channel locations; off: look up locations using channel labels مفعّلة. الأسماء EEG001 وأخواتها غير قياسية، فالبحث بالاسم لن يجد شيئاً.
4. أبقِ خانة Use BIDS event.tsv files for events and use the following BIDS field for event type مفعّلة، واختر من القائمة تحتها trial_type بدل value.
5. خانة Study output folder تعرض مساراً ينتهي بـ ds002718/derivatives/eeglab. أبقِها. يكتب EEGLAB ملفاته هناك ولا يمسّ الملفات التي نزّلتها.
6. اضغط OK. يأخذ الاستيراد دقيقة أو دقيقتين.

في EEGLAB 2026.1 ينشئ هذا الأمر STUDY دائماً، حتى لمشارك واحد. تعرض النافذة الرئيسية الـ STUDY، وقائمة Datasets فيها الداتاست 1. اخترها من قائمة Datasets لترى تفاصيلها: 74 قناة، و 250 هرتز، و 1479 حدثاً. ستتعلّم الـ STUDY في المحطة 8.

كيف أكتبها بالكود؟

% Start EEGLAB (EEG-BIDS ships with EEGLAB 2026.1)
[ALLEEG, EEG, CURRENTSET, ALLCOM] = eeglab;

% Folder where you downloaded ds002718 with sub-002 (change it)
bidsFolder = 'C:\Users\me\Documents\eeg-course\ds002718';

% Import: events from the trial_type column, positions from electrodes.tsv
[STUDY, ALLEEG] = pop_importbids(bidsFolder, ...
    'eventtype', 'trial_type', 'bidsevent', 'on', 'bidschanloc', 'on', ...
    'outputdir', fullfile(bidsFolder, 'derivatives', 'eeglab'));

% Make the imported dataset the current one and show it
CURRENTSTUDY = 1; EEG = ALLEEG; CURRENTSET = 1:numel(EEG);
eeglab redraw;

% Check what arrived
EEG(1).nbchan                % 74
EEG(1).srate                 % 250
numel(EEG(1).event)          % 1479
eeg_eventtypes(EEG(1))       % right_sym 500, famous_new 150, ...

• 'eventtype', 'trial_type' هو نفس الاختيار من القائمة في النافذة. وبدونه يستخدم EEGLAB عمود value، فتصبح أنواع الأحداث أرقاماً مثل 13 و 4096.
• الملف المستورد يُكتب في derivatives/eeglab/sub-002/eeg/، وملف الـ STUDY في derivatives/eeglab/ds002718.study. الملف يأخذ اسمه من مجلد BIDS، أما الـ STUDY نفسها فبلا اسم (STUDY.name فارغ) ما لم تعطها اسماً.

أي قيمة أختار؟

كيف أتأكد أنها نجحت؟

1. قائمة Datasets فيها الداتاست 1، واختيارها يعرض 74 قناة، و 250 هرتز، و 1479 حدثاً.
2. eeg_eventtypes(EEG(1)) يعرض أسماء مثل right_sym و famous_new و boundary، لا أرقاماً.
3. سطر Channel locations يعرض Yes، و Plot › ثم Channel locations › ثم By name يعرض الأقطاب على الرأس. وترى أيضاً نقاطاً لقنوات العين والقلب، لأن الملف يعطيها مواقع.
4. في المجلد ds002718/derivatives/eeglab/sub-002/eeg/ ملف .set المستورد.

انتهينا من BIDS. أغلق الـ STUDY من File › ثم Clear study / Clear all قبل الدرس التالي. ومن المحطة القادمة نعمل على eeglab_data.set التي تأتي مع EEGLAB، لأنها صغيرة ومطابقة للتوثيق.

ما الأخطاء التي يقع فيها كثيرون؟

• اختيار مجلد sub-002 أو eeg. اختر المجلد الأعلى للداتاست، وهو الذي فيه dataset_description.json.
• تنزيل ملف .set وحده. بدون events.tsv و electrodes.tsv تغيب الملفات الجانبية التي تجعل BIDS مفيدة. حافظ على ترتيب المجلدات كما في OpenNeuro.
• ظهور أنواع الأحداث أرقاماً. أبقيت value في قائمة عمود الأحداث. أعد الاستيراد واختر trial_type.
• إلغاء خانة electrode.tsv. البحث بالاسم لا يجد موقعاً لـ EEG001، فتبقى القنوات بلا مواقع.
• البحث عن 70 قناة. في التسجيل 70 قناة EEG، ومعها HEOG و VEOG وقناتا EKG، فيكون EEG.nbchan = 74.

كيف أكتبها في ورقتي؟

قالب: عدّل البيانات والإعدادات والإصدارات لتطابق ما نفّذته.

EEG data in BIDS format (OpenNeuro ds002718, participant sub-002) were imported with pop_importbids (EEG-BIDS plugin 10.5, EEGLAB 2026.1), using the trial_type column for event types and electrode positions from electrodes.tsv.

للتوسّع

• EEGLAB Tutorial: https://eeglab.org/tutorials/04_Import/BIDS.html (d. BIDS)
• EEGLAB Tutorial: https://eeglab.org/tutorials/11_Scripting/Analyzing_EEG_BIDS_data_in_EEGLAB.html (f. BIDS pipeline)
• BIDS data format for Neuroimaging: Export/Import BIDS EEG data from EEGLAB: https://www.youtube.com/watch?v=EClpeP7WREw (الفيديو كاملاً)
• Face processing EEG dataset for EEGLAB (OpenNeuro ds002718): https://openneuro.org/datasets/ds002718 (README; dataset_description.json)